第一條 本自治條例依地方制度法第六十二條第二項及地方行政機關組織準則第三條第二項規定制定之。
第二條 雲林縣政府（以下簡稱本府）依法辦理自治事項，執行上級機關委辦事項及其他機關委託事項。
第三條 本府置縣長一人，對外代表雲林縣，綜理縣政，指揮監督所屬機關及員工，並指導監督鄉（鎮、市）自治事項。置副縣長一人，襄助縣長處理縣政。
第四條 本府置秘書長一人，為幕僚長，承縣長之命，處理縣政。
本府置參議，掌理縣政設計、政策諮詢、法案審核、協調本府及所屬一級機關警政、消防、稅捐稽徵、環保、衛生管理、交通工務等業務及核稿等事項；置消費者保護官，掌理消費爭議調解等事項；置秘書，掌理機要、協調本府及所屬一級機關警政、消防、稅捐稽徵、環保、衛生管理、交通工務等業務及核稿等事項。
前項職務均受秘書長之指揮、監督。
第五條 本府設下列各處，分別掌理及依法辦理下列事項：
一、民政處：掌理自治行政、動員、戶政、宗教、禮俗、客家行政、原住民行政、調解、法律扶助、公共造產、墓政、殯葬及兵役等事項。
二、財政處：掌理財務行政、公產、公債、公庫及菸酒管理等事項。
三、文化觀光處：掌理圖書資訊、展覽與表演藝術、藝文推廣行銷、文化資產保存、古蹟、文獻及觀光行銷與發展等事項。
四、教育處：掌理學務管理、國民教育、社會教育、幼兒及特殊教育、體育衛生教育及課程發展等事項。
五、城鄉發展處：掌理城鄉規劃建設與設施維護、都市計畫、都市更新、住宅及農村更新、景觀工程及觀光建設等事項。
六、建設處：掌理工業、商業登記、零售市場、攤販管理、公平交易、消費者保護、工商發展、公用事業、公營事業與中小企業輔導、國宅業務、建築管理、使用管理、違建拆除及能源發展管理等事項。
七、水利處：掌理水利規劃管理、水利工程、下水道、土石管理、水土保持、治山防災、野溪治理、防洪維護、礦業及漁港興建與維護等事項。
八、農業處：掌理農、林、漁、牧、農漁會輔導、地方金融管理、農畜產品共同運銷與生態保育之企劃、農產品批發市場管理、農藥管理、農業性合作社場、農地管理及漁港管理等事項。
九、地政處：掌理地籍、地權、地價、地用、重劃、測量、土地開發、一般土地行政及國土計畫等事項。
十、社會處：掌理社會行政、社會救助、身心障礙福利、婦幼及少年福利、老人福利、社會保險、社會工作、社區發展業務、人民團體輔導及合作行政等事項。
十一、勞動暨青年事務發展處：掌理勞資關係、勞工組織、勞動條件、勞工福利、勞工教育、就業輔導、勞工安全衛生、青年事務發展及設置庇護工場、農場並推廣行銷等事項。
十二、行政處：掌理法制、訴願、國家賠償、印信、文書、檔案管理、庶務及出納等事項。
十三、計畫處：掌理綜合設計規劃、研究發展、管制考核、縣政資料、推動為民服務、大陸事務綜合業務、資訊規劃、推動及管理等事項。
十四、新聞處：掌理新聞行政、有線電視、公共關係及綜合宣導等事項。
前項各處職掌內容，除法令另有規定者外，必要時得依地方行政機關組織準則第八條之規定調整之。
第六條 本府各處置處長、副處長、科長、專員、技正、督學、社會工作督導、社會工作師、營養師、設計師、管理師、科員、技士、技佐、辦事員、助理設計師、助理管理師、書記。
第七條 本府設人事處，置處長、副處長、科長、專員、科員、辦事員、書記，依法辦理人事管理事項。
第八條 本府設主計處，置處長、副處長、科長、專員、科員、辦事員、書記，依法辦理歲計、會計及統計事項。
第九條 本府設政風處，置處長、副處長、科長、專員、科員、辦事員、書記，依法辦理政風事項。
第十條 本府設所屬一級機關：警察局、消防局、衛生局、環境保護局、稅務局、交通工務局，分別掌理有關事項，其組織規程另定之。
第十一條 本府為辦理特定業務，設所屬二級機關，分別受各業務主管處、局之督導，其組織規程另定之。
第十二條 本府得視實際需要，設事業機構 ;其組織自治條例由本府擬訂，經縣議會通過，報請內政部備查。
第十三條 本府及所屬機關除警察、消防機關及學校外，員額總數最高為一千六百二十五人。
本府及所屬各機關之員額數，除警察、消防機關及學校外，由縣長於前項員額總數內，依地方行政機關組織準則第二十一條之規定分配之；警察、消防機關及學校之員額數，依中央各該主管機關訂定之設置基準定之。
第十四條 本自治條例所列各職稱之官等職等或級別及員額，另以編制表定之。
各職稱之官等職等，依職務列等表之規定。
第十五條 縣長請假時，由副縣長代行。副縣長因故不能代行時，由秘書長代行。秘書長同時因故不能代行時，依第五條所列單位主管順序代行之。
縣長停職時，由副縣長代理，副縣長出缺或不能代理者，由內政部報請行政院派員代理。縣長辭職、去職、死亡者，由內政部報請行政院派員代理。
前項縣長辭職，應以書面向內政部提出，由內政部轉報行政院核准，自核准辭職日生效。
第十六條 本府設縣務會議，由下列人員組成之：
一、縣長、副縣長。
二、秘書長、參議、秘書。
三、各處處長。
四、所屬一級機關首長。
五、縣長指定人員。
前項會議，由縣長召集之，開會時並為主席，縣長因故不能出席時，由職務代理人擔任之。
第十七條 下列事項應經縣務會議之決定：
一、縣自治事項。
二、縣長交議事項。
三、縣規章及自治規則。
四、其他有關縣政之重要事項。
第十八條 本府分層負責明細表，由本府訂定之。
本府所屬機關分層負責明細表由所屬機關擬訂，報本府核定。
第十九條 本自治條例自公布日施行。
本自治條例中華民國一百零八年八月十四日修正之條文，自一百零八年十二月二十五日施行；一百零九年十月二十一日修正之條文，自一百零九年十二月二十五日施行；一百十二年九月十二日修正之條文，自一百十二年十二月二十五日施行。