第一條
本辦法依水污染防治法(以下簡稱本法)第十一條第六項規定訂定之。
第二條 雲林縣水污染防治基金（以下簡稱本基金）為預算法第四條第一項第二款所定之特種基金，本基金以雲林縣政府（以下簡稱本府）為主管機關，雲林縣環境保護局（以下簡稱環保局）為管理機關。
第三條 本基金之來源如下：
一、水污染防治費。
二、依本法第六十六條之二追繳之所得利益及依本法裁處之部分罰鍰。
三、基金孳息收入。
四、其他有關收入。
第四條 本基金之用途如下：
一、地面水體污染整治及水質監測。
二、飲用水水源水質保護區水質改善。
三、水污染總量管制區水質改善。
四、公共污水下水道系統主、次要幹管之建設。
五、污水處理廠及廢（污）水截流設施之建設。
六、水肥投入站及水肥處理廠之建設。
七、廢（污）水處理設施產生之污泥集中處理設施之建設。
八、水污染防治技術之研究發展、引進及策略之研發。
九、執行收費工作相關之必要支出及所需人員之聘僱。
十、其他有關水污染防治工作。
第五條 本基金應於代理縣庫之金融機構設立專戶存管，並應專款專用。
第六條 本基金之收支、保管及運用，應設雲林縣水污染防治基金管理委員會(以下簡稱本會)，置委員九人至十五人，其中一人為主任委員，由縣長兼任；一人為副主任委員，由環保局局長兼任，其餘委員由本府就下列人員聘(派)兼任：
一、機關代表一人至三人。
二、專家學者五人至八人。
三、環保團體代表一人至二人。
前項委員任一性別比例不得少於委員總人數三分之一。
第七條 本會委員任期為二年，其中專家學者及民間團體代表不得少於委員總人數三分之二，期滿得續聘（派）兼之。但機關代表應隨其本職進退。
委員出缺時，得予補聘（派），補聘（派）委員之任期至原委員任期屆滿之日為止。
第八條 本會置執行秘書一人，由環保局副局長兼任，辦理本會秘書業務及決議事項工作。
本會業務所需之工作人員，就管理機關派兼之，或由本會約聘僱人員擔任。
第九條 本會任務如下：
一、本基金收支、保管及運用之審議及監督。
二、本基金年度預算及決算之審議。
三、本基金運用執行情形之考核。
四、其他有關事項。
第十條 本會兼任人員均為無给職。但外聘委員得依規定支給出席費。
第十一條 本會每六個月開會一次，必要時得召開臨時會議，本會召開會議，由主任委員召集並任主席；主任委員因故不能出席時，由副主任委員代理，主任委員及副主任委員均不能出席時，由出席委員互推一人代理之。
本會非有過半數以上委員之出席不得開會，並有出席委員過半數之同意始得決議，可否同數時，由主席裁決。
委員應親自出席前項會議。但由機關代表兼任之委員，如未能親自出席時，得指派代表出席，並通知本會。
第十二條
（刪除）
第十三條 本基金有關預算編製及執行、會計事務處理及決算編報，應依預算法、會計法、決算法、審計法及相關法令規定辦理。
第十四條 本基金收支之執行，應依下列規定處理：
一、本基金應依當年度法定預算及縣庫作業有關規定，辦理收支手續；其收入如有短收時，除尚有累積賸餘可抵充外，應相對核減支出。
二、本基金年度收支如有賸餘，應滾存各該資金內繼續運用。
第十五條 本基金結束時，應予結算，其餘存權益應循預算程序解繳縣庫。
第十六條 本辦法自發布日施行。