1.中華民國八十八年十二月三十日雲林縣政府八八府秘法字第 881000133
  1 號令訂定發布                                                
2.中華民國八十九年三月二十四日雲林縣政府八九府行法字第 891000011
  5 號令修正發布第 8  條條文                                    
3.中華民國八十九年三月二十四日雲林縣政府八九府行法字第 891000018
  9 號令修正發布第 3、5、7～11、13  條條文；並刪除第 6  條條文  
4.中華民國八十九年八月十八日雲林縣政府八九府行法字第 8910000429 
  號令修正發布第 5、7、8、13  條條文；並增訂第 6-1  條條文      
5.中華民國八十九年十月十六日雲林縣政府八九府行法字第 8910000509 
  號令修正發布第 14 條條文                                      
6.中華民國九十二年二月六日雲林縣政府九二府行法字第 9210000233 號
  令修正發布                                                    
7.中華民國九十七年五月十二日雲林縣政府府行法字第 0971000237 號令
  修正發布名稱及全文 13 條；並自九十七年三月三十日施行（原名稱：
  雲林縣稅務稽徵處組織規程）
8.中華民國102年10月1日府行法字第1026003985號令修正第四條、第六條、第七條、第八條、第九條、第十三條條文
9.中華民國102年10月28日府行法字第1026004434號令修正雲林縣稅務局編制表
10.中華民國102年12月16日府行法字第1026005290號令修正雲林縣稅務局編制表併予註銷府行法字第1026004434號令
11.中華民國103年01月16日府行法字第1036000326號令修正雲林縣稅務局編制表
12.中華民國107年7月31日府行法字第府行法一字第1072903031A號令修正第六條、第十三條條文及編制表
13.中華民國 109 年10月5日府行法一字第1092904659A號令修正第六條及編制表
14.中華民國112年12月4日府行法一字第1122910951A號令修正編制表，並自112年12月25日生效
15.中華民國114年10月20日府行法一字第1142910202A號令修正編制表，並自114年12月25日生效
16.中華民國 115 年5月11日府行法一字第11529073432A號令修正第六條、第十一條、第十三條及編制表，並自115年2月1日生效。