1.中華民國八十八年十二月一日八八府秘法字第八八一○○○一三三九號令發布   
2.中華民國八十九年二月十日八九府行法字第八九一○○○○○○六號令修正第三條、第七條及第八條條文   
3.中華民國九十年六月五日九十府行法字第九○一○○○○四二六號令刪除第五條條文；並修正第二條、第四條、第六條、第十條及第十二條條文   
4.中華民國九十年九月二十一日九十府行法字第九○一○○○○六五二號令修正第三條、第四條及第六條至第八條條文   
5.中華民國九十三年三月二十五日府行法字第○九三一○○○一九七號令修正第三條、第六條條文 
6.中華民國九十七年六月十二日府行法字第○九七一○○○二八九號令修正全文及編制表 
7.中華民國一○○年三月十五日府行法字第一○○一○○○一七四號令修正編制表自一○○年四月一日生效 
8.中華民國一○二年二月二十日府行法字第一○二六○○○六三七號令修正法規名稱、第二條、第四條、第十一條條文及編制表
（原名稱：雲林縣家畜疾病防治所組織規程）
9.中華民國一百十五年一月三十日府行法一字第一一五二九○五六四五A號令修正編制表自一百十五年二月一日生效