第一條 本規程依雲林縣政府組織自治條例第十條規定訂定之。
第二條
雲林縣環境保護局（以下簡稱本局），依法掌理雲林縣環境保護事項。
第三條 本局置局長一人，承縣長之命，綜理局務，並指揮監督所屬員工。置副局長一人，襄助局長處理局務。
第四條 本局設下列各科，分別掌理下列事項：
一、綜合計畫科：綜合業務及管制考核、環境影響評估、環境教育、環保志工、淨零綠生活、工廠登記、資訊管理及資通安全業務等有關事項。
二、空氣噪音管理科：空氣污染防制、噪音與振動之管制、空氣品質管理、游離輻射與光害管理、大氣環境監測、環境保護基金作業等有關事項。
三、水質保護科：水污染、土壤及地下水污染防治、海洋污染防治、河川水質監測、飲用水管理等有關事項。
四、環境化學管理科：環境衛生管理、環境用藥管理、毒性及關注化學物質管理、病媒管制、毒性及關注化學物質災害防治、環境品質檢驗等有關事項。
五、資源循環科：一般廢棄物管理及資源回收、事業廢棄物管理、廢棄物資源化、垃圾燃料化及使用推廣等有關事項。
六、環境稽查科：公害糾紛紓處及調處、公害陳情處理、稽查、取締、告發等有關事項。
七、行政科：文書、印信、研考、法制、採購、財務管理、事務管理及其他不屬各科、室業務等有關事項。
第五條 本局置主任秘書、科長、視察、技正、秘書、技士、稽查員、科員、技佐、辦事員、書記。
第六條 本局設人事室，置主任、科員，依法辦理人事管理事項。
第七條 本局設會計室，置主任、科員，依法辦理歲計、會計及統計等事項。
第八條 本局設政風室，置主任、科員，依法辦理政風事項。
第九條
本規程所列各職稱之官等職等及員額，另以編制表定之。
各職稱之官等職等，依職務列等表之規定。
第十條 局長請假或因故不能執行職務時，由副局長代行，副局長同時因故不能代行由主任秘書代行，主任秘書同時因故不能代行時，依第四條所列單位主管順序代行之。
第十一條 本局分層負責明細表，由本局擬訂，報請雲林縣政府核定。
第十二條 本規程自中華民國九十七年三月三十日施行。
本規程修正條文自發布日施行。
本規程中華民國一百十四年十一月十九日修正之條文，自一百十四年十一月一日施行；一百十五年五月八日修正之條文，自一百十五年二月一日施行。